In de beginjaren hadden de Cubaanse revolutionairen te kampen met directe tegenstand vanuit de Kerk. Menig priester leende zich tot het mee-organiseren van sabotage-acties tegen de revolutie. De katholieke Kerk op Cuba was vooral de Kerk van de rijken. Ook geraakten de Cubaanse revolutionairen met de tijd beïnvloed door de politieke filosofie van de Sovjet-Unie. Wetenschappelijk atheïsme werd de norm en de bewegingsruimte van de kerk werd beperkt. Maar in de jaren ’80 ontdooide de relatie met de kerk. In 1992 erkende de communistische partij de vrijheid en gelijkheid van cultus. Sindsdien zijn ook verschillende katholieke en christelijke Cubanen lid geworden van de Communistische partij.

Toch is er op Cuba nog steeds amper een actieve katholieke kerkgemeenschap. Cuba wordt vooral gekenmerkt door syncretisme. De invloeden van de Afro-Cubaanse-cultuur vindt je terug in de Santería, een Cubaanse mix van katholicisme en Afrikaanse animistische godsdiensten. Mogelijk wel 80% van de Cubanen laat zich op een of andere wijze in met de Santeria-religie.

Op Cuba vindt je ook enkele standbeelden van Johannes-Paulus II, die hartelijk werd ontvangen in Cuba in 1998. In 2012 kwam ook Benedictus XVI op bezoek en in febr. 2016 had Paus Franciscus op Cubaanse bodem de eerste ontmoeting met een Russisch-Orthodox Patriarch (Kirill). De Cubaanse kerk laat zich steeds minder voor de kar van de VS spannen.